Tecrübeli olduğu kadar cesaretli bir dedektif olan Harry Goodman ansızın ortadan yok olmuştur. 21 yaşında olan Tim adındaki oğlu ise babasının ortadan kayboluşunun ardındaki gizemi çözmek için büyük maceralara atılmıştır. Pokémon Dedektif Pikachuda Tim babasının ortaya çıkmadığı her an için daha da endişelenmekte ve daha fazla vakit kaybetmeden işe koyulması gerektiğini düşünmektedir. Dedektif Pikachu ise babasının izini sürmekte olduğu sırada Tim'e yardımcı olacak ve destek çıkacaktır. Rastladığı ipuçlarını birleştirerek bir sonuca ulaşmaya çalışan Tim endişelerinin yerinde olduğunu görür.